編譯NBO5.0獨立運行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法

編譯NBO5.0獨立運行版和嵌入Gaussian03 C02版的方法

文/Sobereva @北京科音   2012-May-30

NBO程序有兩種運行模式，一種是獨立運行版，稱GENNBO，也叫standalone版。一種是作為模塊嵌入進其它大型量子化學程序的版本，稱ESS(electronic structure system)版NBO，例如Gaussian的l607模塊就是其免費的3.1版。ESS版可以實現更多功能，如自然化學屏蔽(NCS)、NBO Deletion、NEDA能量分解。然而，有很多重要功能都是在免費的NBO 3.x之后才加入NBO程序的。這里介紹收費的，功能已經比較全面的NBO5.0的Linux獨立版本和嵌入Gaussian03 C02的版本（也叫NBO5.G）的編譯方法，這兩種版本的編譯過程互不相干。

NBO5的源文件只有nbo_5g.src和enable.f兩個，后者用來設定編譯模式。

 

======編譯獨立運行版本的方法=======

編譯平臺：RHEL6 64bit，Q6600，Root，ifort 12.0.0

將nbo_5g.src的1~25125行保存為NBO_5GA.SRC
將nbo_5g.src的25126行~末尾保存為NBO_5GB.SRC
ifort -o enable enable.f
./enable
依次選
(1) 32-bit Unix   UNIX/LINUX  //無論是否系統是64bit，都要選32bit，否則運行不正常
(1) GEN      GENNBO  (standalone)
第三步直接敲回車，得到gennbo.f

在gennbo.f里搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR.NE.'gh')， 改為IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))
再搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh')，改為IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))

最后ifort -o gennbo gennbo.f -diag-disable 8290即得到可執行程序gennbo。
運行時輸入比如./gennbo < AC.47即可，這里AC.47是GENNBO的輸入文件。

======編譯G03 C.02的l607版本方法=======

 

嚴格按照《Fedora7-64bit下編譯Gaussian03-C02》（http://www.shanxitv.org/2）的方法先編譯一遍32bit g03 C.02版并設定好運行環境，確保編譯到了/sob/g03下面。如果你的軟件平臺、目錄和文中不一樣，筆者不保證能按文中的方法編譯成功。

將nbo_5g.src的1~25125行保存為NBO_5GA.SRC
將nbo_5g.src的25126行~末尾保存為NBO_5GB.SRC
將這兩個文件連同enable.f都拷進/sob/NBO5，并進入此目錄，運行
ifort -o enable enable.f          //這步也可以用別的fortran編譯器
./enable
選擇32-bit Unix，然后選G03，然后直接回車

在新生成的g03nbo.f里面搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR.NE.'gh')， 改為IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))
再搜索IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh')，改為IF(MORB.EQ.0.AND.NAMEAT(IATNO(NCTR).NE.'gh'))

將g03目錄下l607.a刪掉，將l607.exe改名為l607old.exe，l607.F改名為l607old.F作為備份。
將g03nbo.f復制到g03目錄下作為l607.F文件。

進入csh環境，source /sob/g03/bsd/g03.login，并進入/sob/g03下
make -f bsd/i386.make l607.exe
一會兒，l607.exe就在g03目錄下生成了。

對應NBO5.0的l607.F和編譯好的l607.exe可以從這里下載：/usr/uploads/file/20150610/20150610212517_49774.zip
對于其它版本g03這個編譯好的版本應該是不兼容的。